دانشگاه ادیان و مذاهب خاستگاهی پژوهشی دارد. این مهم را از آنجا می‌شود فهمید که این دانشگاه پیش‌تر «مرکز تحقیقات و مطالعات ادیان و مذاهب» بوده است. از این‌رو، می‌توان گفت تکیه‌گاه آموزشی این دانشگاه مبتنی بر سرفصل‌های پژوهشی بوده است، به‌گونه‌ای که هر دانشجو با گام نهادن در کلاس‌های آموزشی، خود را در مسیر تحقیق و گاه ترجمه پژوهش‌هایی می‌بیند که منابع اولیه این دانش به شمار می‌آیند.

از آنجا که این دانشگاه بر ستون پژوهش بنا شده کتابخانه‌ای که در این دانشگاه وجود دارد بیش از آنکه فقط مرجع تحقیقات دانشجویی باشد، مهم‌ترین و جامع‌ترین منابع و کتاب‌های مورد نیاز محققان و پژوهشگران ادیان و مذاهب را از سراسر دنیا و به چندین زبان در بردارد.

از سویی پژوهشگران و محققان این دانشگاه از آغاز به ثمر نشستن دستاوردهای پژوهشی خود به دلیل نبود مجله‌ای تخصصی در زمینه دانش ادیان و مذاهب در کشور، نشریه‌ای تخصصی را هر فصل به بازار مطبوعات ارائه می‌کردند که هم جایگاهی فاخر در نزد آثار پژوهشی داشته و هم از مرتبتی حرفه‌ای در نزد ارباب جراید و مطبوعات بهره‌مند بوده است؛ «هفت آسمان» در اواخر دهه هفتاد چراغ امیدی برای علاقه‌مندان به این دست مطالعات در میان مجلات تخصصی و روشنفکری برافروخت که مهم‌ترین دستاورهای پژوهشی و تحقیقی مرکز مطالعات ادیان و مذاهب و دیگر محققان سراسر دنیا را در قالب مقاله و مصاحبه و یادداشت به مخاطبان ارائه می‌کرد.

با بیان این تاریخچه فعالیت‌های پژوهشی در دانشگاه ادیان و مذاهب می‌توان گفت معاونت پژوهشی این دانشگاه از آغاز تأسیس و به رسمیت شناخته شدن دانشگاه در محافل آکادمیک، رسالت دیرین خود را برای بر محور اصلی نگاه‌داشتن امور پژوهشی به جدیت پی گرفته است و تاکنون توانسته تاکنون ده‌ها کلان و خرده طرح‌پژوهشی کوتاه‌مدت، میان مدت  و بلند مدت را برای ارائه در قالب‌های گوناگون کتاب، مقاله و پایان‌نامه مدیریت کند.

هم‌اکنون معاونت پژوهش دانشگاه ادیان ومذاهب به‌منظور مدیریت طرح‌های پژوهشی و بسترسازی برای پژوهش‌های بنیادی، کاربردی، توسعه‌ای و تألیف و ترجمه کتاب‌ها و مقالات سودمند، آیین‌نامه‌ای تنظیم کرده تا مطالعات و تحقیقات مورد نیاز عرصه پژوهش را بگستراند.